Sembra che nel 1262 sia stata assegnata alla mensa vescovile di Pèdena la parrocchia di Linek una località non ben precisata. Nel 1295 il vescovo Ulderico fu sospeso dal patriarca Raimondo della Torre che inviò Matteo di Pola e Giovanni vescovo di Cittanova a sollevarlo dall'incarico. Nel 1342, causa la divisione dei territori della contea di Gorizia, la contea di Pisino, acquisita dai conti di Lurngau due secoli prima per matrimonio, pervenne al conte Alberto IV, ed in quell'atto Pèdena venne chiamata Pyben; poi i feudatari tedeschi stanziati nel territorio istriano la conobbero con il nome di Piebnn, come risulta dall'urbano di Pisino del 1498. L'adattamento fonetico croato fu, com'è ora, Pican.

Sia i marchesi che i conti tedeschi dell'impero germanico, sia i conti di Gorizia ed ancora più tardi i principi austriaci erano desiderosi, per prestigio e per autorità spirituale, di avere nella contea istriana un proprio vescovo e pertanto la conservazione del vescovado dipese molto da questi fattori, oltre [979] che dall'evangelizzazione delle popolazioni slave chiamate a colonizzare il paese. Pèdena, che faceva parte della contea di Pisino, passò assieme a questa sotto il dominio dei duchi d'Austria nel 1374. Nel 1481 il vescovo petenate Pascazio di Gallignana riconsacrò la chiesa di S. Gregorio a San Daniele del Carso che era stata sconsacrata dopo le atrocità commesse durante una delle tante incursioni turche nel carso triestino. Nel 1492 il vescovo G. Maninger di Pèdena cedette a titolo di avvocazia, alla contea di Pisino, le decime di Novacco di Pisino, di Ceroglie ed altre minori rendite. Il territorio della cittadina fu coinvolto nelle guerre che nei secoli travagliarono la regione istriana; come possedimento austriaco, fu occupata dai Veneziani nel 1508, all'inizio della guerra contro Massimiliano I d'Austria. I Veneziani assegnarono a questa città, quale castellano, Girolamo Venier. L'anno successivo, sotto la pressione delle truppe austriache, i Veneti furono costretti a ritirarsi dal territorio.

Nel 1510 fu vescovo di Pèdena e contemporanemente di Vienna, l'insigne musicista Slatcoina che finì per preferire la capitale austriaca nella quale portò con se la reliquia di un braccio di S. Niceforo, presa a Pèdena. Pèdena fu data in pegno, nel 1555, a garanzia dì un prestito richiesto da re Ferdinando I d'Austria al bergamasco Cristoforo Mosconi ed al conterraneo Giambattista Valvasor. Nel 1608 fu vescovo di Pèdena Antonio Zara, persona di grande cultura, il quale sollevò le sorti della diocesi. Pubblicò nel 1615, a Venezia, la sua opera "De Anatomia Jugeniorum".

Durante la guerra detta degli Uscocchi, nel 1616, milizie venete e mercenari Corsi, sostenuti da contadini Albonesi, penetrarono nella contea fino a Pèdena bruciando i mulini e le case del contado e probabilmente riuscirono ad occupare Pèdena difesa dai Croati del capitano Giovanni Seminich; ma i Veneziani furono costretti a ritirarsi di fronte alla controffensiva austriaca. Nel 1617 ancora una volta il territorio di Pèdena fu devastato dal provveditore veneto Zorzi che però non riuscì a penetrare nel borgo. In quei secoli gravava su tutto il territorio un'estrema miseria, conseguenza delle guerre e delle pestilenze. Devastante fu quella del 1630. Nonostante ciò, la popolazione, fu gravata dalle nuove tasse stabilite dal rinnovato urbario del 1578, dove Pèdena venne considerata città, mentre prima era iscritta come terra murata. Oltre alle solite vessazioni, altri gravami incombevano sugli abitanti: durante le grandi cacce a cinghiali e caprioli, due uomini per ogni casa dovevano mettersi a disposizione dei signori della contea.

Nel XVII secolo nel comune di Pèdena la lingua ufficiale era quella italiana per la struttura della popolazione che comprendeva molti italiani che vivevano nella borgata e frequentavano la scuola seminarile. Il ceto borghese era numeroso e pertanto i figli delle famiglie più abbienti studiarono in Italia, in maggioranza [980] all'Università di Padova. Anche l'uso della lingua paleoslava nella liturgia nelle chiese campestri si interruppe a cavallo dei secoli XVI e XVII.

Eminente personaggio di Pèdena fu Giambattista Podestà, nominato nel 1694 professore di lingue orientali, dopo una lunga permanenza a Costantinopoli alla cattedra creata da Leopoldo I d'Austria. Tradusse dal turco in latino, italiano e tedesco, una cronistoria dei sultani ottomani oltre ad una grammatica delle lingue araba, persiana e turca.

Dopo la grande fame del 1817, accompagnata dall'epidemia di tipo petecchiale, che sconvolse tutta l'Europa ed anche l'Istria, fu eretto un monumento al parroco di Pèdena, Francesco Godenich de Godenberg, poiché in quel triste anno acquistò cereali dai magazzini statali e li distribuì gratuitamente a tutti i suoi parrocchiani.

Pèdena si trova su una collina calcarea, a 10 km da Pisino. La si vede spuntare fra le colline marno-arenacee dove regna un'aria purissima. Le pendici che strapiombano nella piana dell'Arsa favorirono la sua difesa durante il medioevo e fin da tempi antichissimi fu circondata da mura possenti e formidabili di cui ora rimangono solo alcuni resti resti. Delle ultime fortificazioni è ben conservata ed ora anche restaurata una delle due porte d'ingresso alla cittadina, la Porta Romana del XIV secolo, con un piombatolo provvisto di caditoia che permetteva ai difensori di gettare olio bollente, pece ed altro sulle teste degli assalitori. Fu restaurata nel 1613 dal vescovo Antonio Zara.

Dalle mura, sul lato orientale, si gode un magnifico panorama della piana dell'Arsa, dagli infiniti colori dei campi coltivati. Dinanzi alla porta del borgo, dove si trova una scultura del 1714 posta su una colonna e che rappresenta S. Giovanni Nepomuceno,si trova un parco alberato con enormi lodogni, tigli ed ippocastani; sotto il parco, verso la valle, costruita su un terrapieno e fronteggiata da due tigli si presenta la chiesetta di S. Rocco, eretta nel 1638, dopo la grande pestilenza che devastò tutta l'Istria. È stata restaurata completamente, compreso il porticato sostenuto da colonne tornite e pilastri in pietra; il campaniletto a vela con una bifora è appoggiato alla sommità della facciata ed anche l'interno si presenta decoroso con la statua lignea policroma di S. Rocco che si appoggia all'altare.

All'interno del borgo, Pèdena si concesse il lusso straordinario del campanile veneto, il più bello dei moderni campanili istriani, tutto in pietra bianca del luogo, eretto nel 1860. Assomiglia a quello di Rovigno. Il bel campanile cuspidato, isolato e staccato dalla cattedrale, è alto 48 m e porta una torre a base quadrata sopra le cuiadrifore che si aprono ai lati. Alla base del campanile c'è la pietra delle misure, un grande blocco calcareo con cavità di varie misure e con i fori laterali per lo scarico delle decime delle derrate che qui venivano misurate.

[981] Sulla porta d'ingresso una scultura mostra lo stemma con le mura turrite della città. La cattedrale di S. Niceforo, dedicata alla Beata Vergine Annunziata, a tre navate, spicca fra le case della piazzetta e si presenta vasta ed imponente. Fu ampliata e consolidata, dal 1608 al 1613, dal vescovo Antonio Zara sulle rovine di una precedente del XIV secolo. In tale occasione andarono perdute purtroppo tutte le opere d'arte antiche. Venne rifatta poi completamente fra gli anni 1753 e 1771, in uno stile baroccheggiante alla viennese. Sulla facciata è incastonato lo stemma vescovile e vi sono tre statue centrali che simboleggiano la Madonna con il Bambino, S. Niceforo martire con il castello di Pèdena nelle mani e S. Niceforo anziano e vestito da vescovo. Questi due santi omonimi appaiono strani, creano curiosità e perplessità. Sembra che S. Niceforo confessore ed il suo diacono S. Massimiliano, al ritorno da Aquileia dove si era recato a giustificarsi di odiose imputazioni si fossero fermati ad Umago. Qui, nel 546, entrambi si ammalarono e morirono; furono sepolti nella chiesa di quel luogo.

Le vite ed i miracoli dei due santi Nicefono furono descritti dal vescovo di Pèdena, il nobile triestino Antonio Marenzi nel 1639 il quale dedicò l'opera, stampata a Vienna, a Ferdinando III d'Austria. All'interno della chiesa sono numerose le tombe dei vescovi ed anche sul sagrato esterno, lastricato, si vedono varie pietre tombali, qualcuna con il teschio che fa ricordare l'ineluttabilità del destino umano. Ai piedi della scalinata del presbiterio c'è il sepolcro della confraternita delle Anime del Purgatorio, del 1702; vi sono poi le lapidi sepolcrali del vescovo Giovanni Barbo del 1547 e del vescovo barone Marco Rossetti del 1765. Quest'ultima ha sullo stemma un cavallo che salta fra balze rocciose; l'Aleardi vide una connessione tra il cavallo ed il nobile cognome Rossetti e lo fece risalire dal tedesco Ross. Due ricchi agricoltori vollero uno stemma sulla tomba ed infatti si vedono scolpite le roncole, la zappa e la mannaia: così è la tomba dei Vretoner del 1755. C'è anche inserito nel pavimento il sepolcro di Antonio [982 map; 983] Zara del 1621, quello del vescovo Bonifacio Cecotti del 1765 ed infine anche quello dell'ultimo vescovo petinate Aldrago dei Piccardi del 1783. L'interno della chiesa, pur misero, è decoroso e l'unica opera di un certo pregio è il quadro sull'altar maggiore dipinto dal Metzinger. La piazzetta con un enorme tiglio, dominata dalla presenza della cattedrale, si presenta bella e spaziosa mentre il vecchio ghetto, mezzo abbandonato, è stato ristrutturato solo in parte dai pochi abitanti. Presso il Duomo c'era, fino alla fine del 1700, una cappelletta isolata che fungeva da battistero.

Le vecchie case semidiroccate, che risalgono al 1500, mostrano suggestivi ballatoi, i porticati che precedono e proteggono l'ingresso ai piani superiori; verso la parte strapiombante sulla valle, le callette e le stradine scolpite nella viva roccia separano le case piccole, strette, addossate, tutte in pietra calcarea, unite talvolta da archi e porticati. L'ex palazzo vescovile, già distrutto nel 1570 e poi ricostruito, si trova sulla destra appena entrati nel borgo; su una facciata c'è un blasone raffigurante S. Giovanni nell'atto di battezzare Cristo mentre sulla facciata principale un'iscrizione sull'architrave del portone ricorda il vescovo Antonio Zara; molto belle ed interessanti le cornici inferiori in pietra delle finestre su ognuna delle quali sono scolpite in altorilievo due stemmi vescovili. Pèdena ora è poco popolata, dopo l'esodo del dopoguerra, e nelle strade silenziose si vedono rari passanti. Fino a non molti decenni or sono, il 30 settembre, gli abitanti di Pèdena usavano, alla maniera delle "epulae" funebri dei Romani, depositare derrate varie sulle tombe dei congiunti e quindi bivaccavano ricordando la presenza dei defunti.

Sul monte Calvario, a quota 367 m, di fronte al cimitero si trova l'antica chiesetta dedicata a San Michele, che nel suo interno contiene parti di un affresco raffigurante Giuda nella scena in cui Cristo si trova davanti a Ponzio Pilato, che, come la chiesa, risale alla metà del XV secolo. Sull'altare si appoggia la statua lignea di S. Michele. La chiesetta, in pietra calcarea, è volta verso il cimitero, su uno sperone erboso dal quale la vista spazia sulla piana dell'Arsa. Il piccolo edificio ha un'abside circolare con il tetto in pietra e parzialmente lo è anche il tetto della chiesa; sulla facciata un campaniletto a vela senza campana è posto sopra il portico chiuso completamente da due lati a riparo dalla bora che qui soffia con veemenza. Il cimitero si trova ai piedi del paese, di fronte alla Porta Romana, al di sopra delle nuove costruzioni fuori porta che hanno formato una piccola borgata.

A Pèdena è bello arrivare dalla parte della Val d'Arsa; da qui infatti la rocca si staglia contro il cielo e la bella stradina, che a destra sale alla cittadina, offre ad ogni tornante grandi spettacoli della natura sottostante. Da Pèdena a Gallignana, sulla sinistra della strada, si notano dei picchi boscosi, molto incisi dai rii che alimentano il torrente Pedrovizza che corre a sud della strada, intercalati da masse calcaree che si prolungano verso sud fino al limite della zona carsica che scende verso Gimino. Quest'area, delimitata dai monti Terba, Babici o Bavichi e del Prete, fa parte del bacino idrografico dell'Arsa. In questa zona si trovano casolari sparsi e le frazioni semiabbandonate di Rimanici, Medighi, il cui monte omonimo ebbe un castelliere preistorico, e poi Marfani, Squari, ed infine Luchesi che si trova lungo la strada per Pisino.

Ad ovest di Luchesi, tra la strada provinciale ed il sottostante torrente Palonscine, si trovano le rovine della chiesetta di S. Cristoforo, a 433 m di quota.