In un lungo prologo, intitolato «Quattrocento anni dopo», l'autore ricorda gli anni dell'adolescenza che lo videro profugo a Capodistria, tra la fine della seconda guerra mondiale e l'assegnazione della zona occupata alla Jugoslavia. In quell'epoca conobbe da un giornale comunista sloveno, che lo presentava come apostolo del progresso, la figura storica del vescovo riformatore Pier Paolo Vergerio il Giovane, nativo di Capodistria, che ciascuna delle due parti, italiana e slovena, allora in conflitto, tentava di accreditare come precursore delle proprie rivendicazioni. Dopo più di vent'anni, rifugiatosi in Italia, l'autore si sente vicino alla figura di Vergerio e alla sua difficile vita trascorsa in larga parte in esilio, e decide di raccontarla.

Il romanzo è una documentata biografia del vescovo, discendente dell'omonimo umanista che fu editore dell'Africa di Petrarca. Vergerio, nato da famiglia nobile nel 1498, compiuti gli studi di diritto a Padova, esercita l'avvocatura a Venezia, dove diviene intimo dell'Aretino. Dopo la misteriosa morte del fratello maggiore Aurelio, segretario eli papa Clemente VII, gli subentra nell'incarico e, in seguito a una brillante ambasceria a Venezia, ottiene la carica di nunzio papale a Vienna, presso il re Ferdinando d'Asburgo. Comincia a manifestarsi l'ambizione che, nel secolo cortigiano, lo guiderà in ogni mossa politica. A Vienna, e poi a Praga, viene a contatto con la rivolta luterana, che egli tenta di capire e combattere, scarsamente sostenuto dall'indifferenza di papa Clemente. Profondamente scosso dalla violenza manifestata dalle parti in conflitto, si fa promotore del concilio presso i principi luterani e le città tedesche (in questa veste incontrerà Lutero, ricavandone un'impressione del tutto negativa). Insieme con i letterati più illuminati del tempo (Pietro Bembo, Vittoria Colonna), aderisce allo spiritualismo, movimento di carattere elitario che propugnava una moderata riforma della Chiesa. Per la sua attività di nunzio viene nominato vescovo di Capodistria: è l'apice della sua carriera. Decide allora di impegnarsi nella riforma della diocesi, ma è osteggiato nei suoi propositi dal clero regolare, cui impedisce i privilegi e le prebende (basate sullo sfruttamento della superstizione popolare) ed è accusato di luteranesimo dal concittadino e antico compagno di studi Girolamo Muzio, che intende succedergli nella carica.

Caduto in disgrazia presso la Curia pontificia per l'ostilità dei Farnese, dovrà subire un processo per eresia, nel quale si difenderà con spirito pugnace. E' intanto invitato dal nunzio pontificio a Venezia, Giovanni Della Casa, ad allontanarsi da Capodistria. Anni dopo Vergerio si vendicherà dell'ostilità manifestatagli dall'autore del Galateo con scritti satirici che rimprovereranno al Della Casa l'esaltazione giovanile della sodomia e gli costeranno la tanto desiderata porpora cardinalizia.

Bandito da Capodistria, benché nessun giudizio sia mai stato effettivamente pronunciato, cerca rifugio in altre terre di confine, nelle valli fra l'Italia e la Svizzera riformata. Qui assiste alla frantumazione del fronte protestante, abbraccia il luteranesimo e avvia la sua carriera di feroce e prolifico polemista. Benché protetto dalla Francia, di cui è informatore, vive in grandi difficoltà, costretto com'è a destreggiarsi nello spietato mondo cortigiano: cerca protezione presso vari signori e interviene in quanti più «negozi» può, finché non trova ricetto a Tubinga, presso Cristoforo, duca del luterano Wurttemberg, per il quale svolge infruttuose missioni, finalizzate all'estensione della riforma ai paesi slavi. A tale scopo sovrintende alla traduzione del Nuovo Testamento in sloveno e croato, primo documento a stampa di quegli idiomi a lui così vicini. Riaccostatosi ai nipoti che lo hanno seguito nelle peregrinazioni (e alla numerosa famiglia che ha dovuto condividere le sue traversie, fino a essere quasi estinta dalle persecuzioni), muore nel 1565 a Tubinga.

La figura che emerge dalla documentata ricostruzione di Tomizza è quella di un combattivo uomo di corte del tardo Rinascimento, incapace di vivere senza esercitare mediazioni e negozi, intrigante, audace, forse doppiogiochista: è fondato il sospetto che Vergerio abbia abbracciato la religione protestante per spirito di rivalsa, perché deluso dai pochi benefici e dalla molta ingratitudine che la Curia pontificia gli aveva offerto in cambio dei suoi servigi. Il ritratto di Vergerio si accompagna a quello di altri cortigiani che, su fronti religiosi e politici opposti, subirono le sue stesse umiliazioni, vittime di un'accanita lotta per piccoli privilegi. Ne risulta un affresco vivace dei primi anni della Controriforma, animato dalle figure e dalle gesta di coloro che molto spesso sono rimasti stritolati nei minuti ingranaggi della Storia.

Il romanzo ha i caratteri di un saggio storico, costruito su ricerche d'archivio, e la vicenda in esso narrata ha poco di romanzesco. Tomizza, scrittore di confine, disegna la figura di un uomo contraddittorio, vissuto perennemente ai limiti di frontiere geografiche e morali. I temi di fondo, ricorrenti in altre opere dell'autore, sono quelli della divisione ideologica e politica del mondo, della lacerazione delle coscienze e delle difficili scelte che da essa conseguono.